A região do Vale do Javari, onde desapareceram após ameaças o indigenista Bruno Pereira e o jornalista Dom Phillips, sofre reflexos de um misto de atividades clandestinas que vai além da extração de madeira e do garimpo. Desde os anos 2000, a região passou a ser alvo de disputa entre facções de narcotraficantes brasileiros, por ser estratégica para escoamento de armas e drogas - produzidas no Peru e na Colômbia e que abastecem o mercado brasileiro e o europeu, atravessando os rios e portos brasileiros.

As facções mais presentes são o Comando Vermelho (CV), originário do Rio de Janeiro, e a Família do Norte, bando criado na periferia e nas cadeias de Manaus, mas que teve como trunfo o controle da chamada Rota do Solimões por alguns anos.

Essa facção local ficou conhecida em 2017, quando comandou execuções brutais no sistema prisional do Amazonas, num sinal do que seria o rompimento do acordo nacional entre as duas maiores organizações criminosas do País, o Primeiro Comando da Capital (PCC), de origem paulista, que também tentava o controle do Solimões, e o CV. À época, a FDN era parceira do CV e executou integrantes do PCC. Atualmente, FDN e CV disputam territórios.

A FDN foi alvo de uma operação da Polícia Federal, batizada "La Muralha", que dissecou a organização. Investigações registradas pelo Ministério Público documentaram conexões da FDN com outro agente transnacional da região, os guerrilheiros colombianos das Farc (Forças Armadas Revolucionárias da Colômbia), do qual restam frentes dissidentes, depois da deposição de armas com acordo de paz. Segundo o MPF, eles foram fundamentais para o acesso da FDN a armamentos.

A área em que Pereira e Phillips sumiram fica próxima à tríplice fronteira, sendo as principais cidades Santa Rosa, no Peru, Letícia, na Colômbia, e Tabatinga, no Amazonas. Os mesmos rios e igarapés onde as buscas são feitas servem aos traficantes como forma de escape. Os rios Amazonas e Javari são parte da rota. Autoridades já colheram indícios de que as organizações trabalham na extrativismo, com madeira e garimpo.

Militares dizem que as comunidades ribeirinhas e povos indígenas sofrem com a ausência do Estado e de oportunidades de renda, o que facilitou com que se alastrasse, nessa região permeável, uma mistura de atividades ilegais a girar a economia local.

As investigações em curso ainda não descartam nenhuma hipótese do paradeiro de Pereira e Phillips. A Polícia Federal concentra as apurações e recebeu apoio de militares das Forças Armadas. Um oficial relatou que as principais hipóteses são três: que ambos estejam em local isolado, provavelmente com indígenas; que tenham sofrido algum acidente; ou que tenham sido emboscados e mortos por marginais.