O procurador Rodrigo Janot afirma que o núcleo político e econômico do PMDB, comandado pelo atual presidente Michel Temer, gestou vários planos para obstrução da operação Lava Jato, com utilização desvirtuada das funções e prerrogativas do poder legislativo, cooptação e tentativa de cooptação de membros do poder judiciário e desestruturação, por vingança e precaução, a futuras atuações do Ministério Público.

De acordo com a reportagem do jornal Nacional, a denúncia cita ações do grupo contra a Lava Jato como a articulação para aprovação de lei de abuso de autoridade ou anistias a crimes. Janot diz que, em razão desse temor, entre fevereiro e junho de 2016, Lúcio Funaro, antes de ser preso, acertou com Joesley Batista, membro do núcleo econômico da parcela da organização criminosa ligada ao grupo do "PMDB da Câmara", um "pacto de silêncio".

Foi, então, oferecido por Joesley a Lúcio Funaro um contrato de R$ 100 milhões para, além de conferir verniz de legalidade a atos criminosos perpetrados por ambos, mantê-lo em silêncio. O contrato foi elaborado em dezembro de 2015 ou janeiro de 2016, mas foi assinado com data retroativa a 2012.

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A denúncia descreve que a J&F, por determinação de Joesley Batista, criou uma espécie de pagamento mensal no valor de R$ 600 mil e, em outras oportunidades, R$ 400 mil, a serem pagos diretamente a Lúcio Funaro ou, se preso, a pessoas ligadas a eles. O dinheiro acabou sendo entregue aos irmãos de Lúcio Funaro, Dante e Roberta.